Структура

Санкт-Петербургский филиал Института океанологии им. П. П. Ширшова Российской академии наук (СПбФ ИО РАН) возглавляет директор доктор технических наук А. А. Лобанов.
Руководитель научного направления «Фундаментальная и прикладная гидрофизика» ИО РАН – член-корреспондент РАН А. А. Родионов.
Заместитель директора по научно-организационной работе — кандидат физико-математических наук А.Ю. Дворников.
Заместитель директора – кандидат технических наук С. С. Тимофеев.
Ученый секретарь – кандидат географических наук Т. И. Малова.

Научные подразделения:

• Лаборатория геофизических пограничных слоев (доктор географических наук, доцент А. В. Зимин),
• Лаборатория оптики океана и атмосферы (кандидат физико-математических наук В. А. Глухов),
• Лаборатория численных экспериментов по динамике океана (кандидат географических наук Д. А. Романенков),
• Лаборатория моделирования океанских биогеохимических циклов (кандидат физико-математических наук А. Ю. Дворников),
• Лабораторно-испытательный комплекс (К. Б. Филин).
• Центр прикладных гидрофизических исследований (кандидат технических наук С. А. Мальков).

Административные подразделения:

• Бухгалтерия (главный бухгалтер – В. Г. Королева),
• Отдел кадров (начальник отдела кадров – В. В. Любавская),
• Режимно-секретное подразделение (начальник РСП — А. В. Боровская),
• Библиотека,
• Музей.